Eisner „tauchte" im Frühjahr 1943 „unter". Ihre Mutter und ihre Schwester wurden deportiert und ermordet. In der Zeit der Illegalität fand sie auch Unterschlupf bei Freunden in Dresden. Wenn sie die Möglichkeit hatte, las sie philosophische Bücher, in denen sie seelischen Halt suchte. Eisner überlebte. Es waren nur wenige, die wie sie hatten „untertauchen" können.1947 wurde Anita Eisner von den Alliierten wieder als Rechtsanwältin in Berlin zugelassen. Die Zeit der Verfolgung hatte sie entkräftet, sie starb am 12. April 1950 im Alter von nur 49 Jahren.